1952年邓小平从西南局调到中央工作，随全家一同来到了北京，住进中南海。担任党和国家领导职务的邓小平对自己的妻子提出了这样的要求：不要到外面工作，不要出风头。于是多次谢绝了一些单位、团体请她参与工作的邀请，一门心思为邓小平当秘书，整理日常文件，默默在邓小平背后奉献着。实行薪金制后，被定为行政15级（相当于今地、师级）；其政治地位和命运，也随着邓小平地位的变化而改变。从建国到“文化大革命”开始的17年，一帆风顺。“文化大革命”中，邓小平同志受到错误批判，她也受到牵连，1969年10月，邓小平以全国第二号走资派的身份被下放到江西监管劳动，便毫不犹豫地陪伴邓小平到了江西，共同度过了3年零4个月艰难的时光邓小平同志恢复工作之后，卓琳于1973年任国务院办公厅机要秘书，1978年1月任中央军委办公厅顾问直至离休；在相伴走过的58个风云多变的春秋中，卓琳同志始终和邓小平心心相印、患难与共。
